Il monastero di Santa Chiara, che ospita la cappella omonima, fu fondato nel 1516 da quattro suore francescane. Il convento crebbe velocemente acquisendo importanza grazie al sostegno di molte famiglie pievesi, della Congregazione dei Devoti di Maria e grazie al patrocinio del duca di Ferrara, Alfonso d'Este, concesso nel 1517.
La comunità delle suore, che si dedicavano all'educazione delle fanciulle, si ingrandì progressivamente, tanto che nel 1633 il convento fu sottoposto ad importanti opere di ampliamento che si protrassero fino al 1650, per attuare le quali fu acquistata e annessa anche la vicina chiesa di Santa Croce. Nell'ambito di questi lavori fu realizzata una nuova chiesa, inaugurata nel 1645, in sostituzione della preesistente.
Dal 1818, in seguito alla soppressione dell'ordine religioso in epoca napoleonica, il convento fu adibito ad ospedale, e tale rimase fino al 1980.
Attualmente il complesso ospita poliambulatori ed è sede dei corsi di Scienze Infermieristiche della facoltà di Medicina di Ferrara.